眼科常用的滴眼剂在眼部给药后，由于刺激性等原因眼部大量产生泪液，可将药液迅速稀释并清除，使药液在眼部的作用时间极短；另一方面，一般水性介质中的药物在眼部也难以穿过角膜而进入眼内，结果使滴眼剂的治疗效果较差。水性介质中的药物还可以通过泪管等进入全身，产生一些毒副作用。NP作为眼科用药的载体，其表面具有一定的粘附性，可使其在眼部的滞留时间延长，减少泪液对药物的清除；另外NP的材料多为高分子化合物，具有相当的亲脂性，比较容易透过角膜而进入眼内，使房水和角膜组织中药物浓度增加，有利于药物对眼部病症的治疗。
　　现在已有一些抗感染药物（如丁氨卡那霉素、啊昔洛韦）、消炎药物（如氢化可的松、吲朵美辛）、治疗青光眼的药物（如匹罗卡品、β索洛尔、喹诺酮心安等）以及免疫抑制剂（如环孢素A）进行了NP眼部给药系统的研究，比较多用的载体材料为聚氰基丙烯酸烷基酯类或者是白蛋白类。几乎所有的研究结果都表明，NP的确能够有效地增加药物对角膜的渗透，增加药物在房水和角膜组织中的浓度，药效提高，作用时间延长，有时还可提高药物的稳定性。如硫酸丁胺卡那霉素用聚氰基丙烯酸正丁酯制备成NP后，与丁胺卡那霉素溶液组进行了对照。结果NP组给予兔眼后，房水中药物浓度是对照组的3倍以上，角膜中药物浓度也明显增加。
　　有人将匹罗卡品用聚氰基丙烯酸正丁酯制备成100～200nm的NP，药物包封率为10%～18%，在动物眼部用药后，房水中药物浓度增加23%，药物的消除速度变小，眼内压（IOP）的下降也可持续更长的时间。最近有人用界面聚合法将匹罗卡品用聚氰基丙烯酸正丁酯制备成NC，并加入表面活性机制成凝胶释放系统，结果证明在兔眼内具有明显的长效作用。一般说来，药物的亲水性越强，制成NP或NC后对角膜透过性的改善就越明显。
　　不同载体材料的治疗效果不同。有人认为作为眼用的NP材料，聚已内酯（PCL）的效果优于聚氰基丙烯酸异丁酯和乙交酯丙交酯共聚物，原因是因为PCL在结膜囊处有一个聚集过程，结果就延长了药物的作用时间。其他学者还发现聚氰基丙烯酸丁酯经角膜吸收后能引起细胞膜的破损，而PECL为载体时就没有这样的问题。有时含有油相的纳米囊效果好于实心的NP，这是因为油相可保护药物免受泪液的冲洗作用。
　　对环孢素A用NP批给药系统的研究近来较多。例如有人用壳聚糖为载体制备环孢素A眼用NP，药物的包封率为73%，载药量为9%表面荷正电，表面电位为37mV，体外释药分为快释和慢释二相。在兔眼给药后48h，外眼组织（如角膜和结膜）中环孢素A仍可达到治疗浓度，而且明显高于对照组（环孢素A溶液或混悬液）；而内眼组织（如虹膜和房水）和血液中药物的浓度处在检测线以上。此结果提示，环孢素A眼用NP给药系统对提高外眼组织的治疗效果将是十分有益的。
　　除了将NP作为眼科用药的载体制成滴眼剂并在眼部给药外，椰油将NP作为眼科用药的载体，进行眼内给药，用于治疗眼底病症等。